殺菌機的工作原理大致是：首先套管式熱交換器會對物料進行加熱，當加熱到138~150攝氏度時，一般100攝氏度足夠殺死一般的細菌和微生物，然后使物料在這種高溫環境下保持2~4秒，以達到商業無菌水平；然后在無菌狀態下無菌環境中灌裝于無菌包裝容器中。

    殺菌機的滅菌過程其實也就是高溫殺菌，將能引起物料腐敗和變質的微生物和芽孢徹底殺滅，并且高溫能夠極大的保存食品原有的風味和營養成分。殺菌機不但能夠對產品及產品的包裝進行殺菌，還有一定的預防效果，這種嚴格的加工工藝能夠有效地防止了食品的二次污染，大大延長了產品的保質期。

    還有一種高強度紫外線循環殺菌的方法，利用高強度的紫外線進行殺菌處理。不過一般使用高溫殺菌機的企業更多。殺菌機是一款專用于對產品以及產品包裝進行殺菌處理的機械。殺菌機的功能很多，種類也很多，總之不同的殺菌機的特點不大相同。

    一般殺菌機也是根據環境的PH值不同而效用不同的，管式殺菌機適用的產品很多，環境PH值1到14下都可以使用，適于保鮮奶、巴氏奶、酸奶、花色奶、果汁、茶飲料、葡萄酒、冰淇淋、豆奶、果醬、醬制品等產品的無菌生產，經過殺菌處理后的產品在無菌包裝情況下，依然能夠保證在常溫下保持 3~6個月。